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Il 18 giugno 1796 l’avanguardia dell’esercito francese entrò in città da Porta San Felice, seguita due giorni dopo dal generale Bonaparte.
Il giorno successivo veniva espulso il Legato, cardinale Ippolito Vincenti Mareri, dichiarato decaduto il governo pontificio e restaurata l’antica «Libertas» del Comune.
Bologna, in un primo tempo capitale della Repubblica Cispadana (proclamata il 27 dicembre 1796, riunendo i territori di Bologna, Ferrara, Modena, Reggio e successivamente della Romagna), perse il primato con l’annessione nella Cisalpina, nata il 9 luglio 1797 con capitale Milano. Mentre la città assisteva alle numerose e pittoresche manifestazioni organizzate dai giacobini locali, Napoleone consolidava l’alleanza con l’antica classe senatoria e con la nuova borghesia attraverso la vendita dei beni delle congregazioni religiose soppresse, che lui stesso suggerì per sanare le finanze del nuovo Stato.
Dopo la temporanea riconquista di Bologna da parte delle armate austro-russe (1799-1800), i Francesi, in seguito alla vittoria di Marengo (14 giugno 1800) ripresero il controllo della città, che venne così inserita all’interno di uno Stato fortemente centralizzato e strutturato secondo il modello francese.
Al Congresso di Lione, in cui la Cisalpina assunse nome e costituzione di Repubblica Italiana (1802), alcuni rappresentanti bolognesi svolsero un ruolo di primo piano, senza però che la città si sentisse particolarmente coinvolta.
Forte eco suscitò invece la visita di Napoleone, divenuto ormai Imperatore (e Re d’Italia), avvenuta dal 21 al 25 giugno 1805, che si legò anche ad alcuni importanti provvedimenti, che lasciarono un segno a volte indelebile nel volto della città: il rilancio e il potenziamento dell’Università, la sistemazione idraulica del Reno, la trasformazione della Montagnola in giardino pubblico, la creazione di viali alberati attorno alle mura.