Nell'area in cui tra il 1562 e il 1563 verrà costruito il palazzo delle Scuole nuove, cioè l'Archiginnasio, esistevano nel Quattrocento tre chiese, S. Cristoforo dei Geremei, S. Nicolò da Bagnarola e S. Maria dei Bulgari. Nel corso del secolo tutte e tre entrarono sotto il giuspatronato della famiglia senatoriale dei Calderini. Nel 1547 la chiesa di S. Maria dei Bulgari venne demolita e ricostruita ad opera del Terribilia, che sarà anche l'architetto dell'Archiginnasio. La nuova chiesa, cui venne annessa quella di S. Nicolò, conservò la qualifica di parrocchiale fino a quando fu di nuovo demolita e ricostruita per essere incorporata nell'Archiginnasio e diventare la cappella dell'Università. In tutto questo periodo il giuspatronato della chiesa di S. Maria dei Bulgari rimase nelle mani dei Calderini, che si assunsero per due volte l'onere degli ornamenti artistici e dell'arredo. Nel 1574 il conte Niccolò Calderini ricevette anche il titolo e l'incarico di cappellano dell'Università e venti anni dopo, nel 1594, volle eternare con una lapide lo storico legame tra la piccola chiesa e la sua famiglia.
M. FANTI, Dalla "curia Bulgari" alle "scuole di S. Petronio", in L'Archiginnasio. Il Palazzo, L'Università, la Biblioteca, a cura di G. ROVERSI, Bologna, 1987, 2 voll., I, p. 17-64.