Istituita dal governatore dell'Emilia Luigi Carlo Farini, il 10 febbraio 1860, su proposta del Ministro dell'Istruzione Pubblica Antonio Montanari, con il compito di "indagare dovunque le memorie del passato" che riguardassero la storia del luogo di competenza, la Regia Deputazione di Storia Patria per le province di Romagna ebbe la sua prima sede all'Archiginnasio, tenendo le riunioni nel Teatro Anatomico.
Infatti, a fianco del conte Giovanni Gozzadini, primo presidente, era stato nominato segretario l'allora direttore della Biblioteca, Luigi Frati. Nel 1865 tale ufficio fu assunto da Carducci, che per un decennio operò attivamente in seno alla Deputazione, come testimoniato dalle periodiche relazioni presentate in occasione delle tornate e adunanze generali.
Nel 1875 il poeta fu indotto a rassegnare l'ufficio amministrativo per i troppi impegni, ma mantenne e intensificò la collaborazione scientifica.
Nel 1887, infine, dopo la morte di Gozzadini, venne acclamato Presidente della Deputazione, carica allora tradizionalmente vitalizia.
Nell'àmbito dei lavori patrocinati per statuto dalla Deputazione, Carducci pubblicò alcuni dei suoi studi letterari e linguistici, frutto delle ricerche negli archivi e nelle biblioteche: Di alcune poesie popolari bolognesi del secolo XIII inedite; Lettere di Francesco Guicciardini; Intorno ad alcune rime dei secoli XIII e XIV, ritrovate nei Memoriali dell'Archivio notarile di Bologna.