Il progetto Fondi nel web. Guida ai fondi della Biblioteca dell'Archiginnasio è stato elaborato per mettere a disposizione un elenco generale completo ed aggiornato di fondi speciali della Biblioteca (archivi e raccolte documentarie, fondi librari); comprende descrizioni sintetiche dei fondi e informazioni essenziali relative ai soggetti produttori (in parte con informazioni più approfondite, ritratti e autografi); per i fondi archivistici sono inoltre presenti indicazioni relative agli strumenti di ricerca (molti consultabili online) e alla bibliografia.
La banca dati online Fondi nel web rende disponibili - oltre a quella alfabetica - modalità aggiuntive di ricerca, in base a soggetti produttori, periodizzazioni cronologiche, aree tematiche, tipologie documentarie, modalità di acquisizione. La ricerca può essere svolta su tutti i fondi oppure limitandola, di volta in volta, ai soli fondi archivistici/raccolte o ai fondi librari.
Il progetto della Guida online, avviato nel 2008 con la supervisione del direttore della Biblioteca, Pierangelo Bellettini, e della responsabile della Sezione Manoscritti e rari, Anna Manfron, vide la partecipazione di tutto il personale della Sezione (Maria Grazia Bollini, Patrizia Busi, Paola Foschi, Clara Maldini, Arabella Riccò) e dell'Ufficio progetti informatici della Biblioteca (Rita Zoppellari). Le informazioni precedentemente pubblicate a stampa, sottoposte ad un processo di revisione generale negli anni 2008-2010, furono integrate e arricchite con l'inserimento di fondi di più recente acquisizione. Le schede, redatte sulla base degli standard internazionali di descrizione archivistica, in alcuni casi furono collegate alle schede dei rispettivi soggetti produttori.
La prima release della Guida, pubblicata nell'ottobre 2010, comprendeva le schede sintetiche di 254 tra fondi documentari e archivistici della Biblioteca; nel corso di dieci anni si è progressivamente arricchita di nuove schede (arrivando ad un totale di 277 a novembre 2020) ed è stata costantemente aggiornata, con particolare attenzione all'incremento delle risorse disponibili online (strumenti di ricerca, link a mostre e banche dati pubblicate nella Biblioteca digitale dell'Archiginnasio, immagini relative a soggetti produttori).
Nel 2020 è stato elaborato ed avviato un progetto innovativo per la ristrutturazione della banca dati e del sito web. Il gruppo di lavoro incaricato di realizzare il progetto ha visto la partecipazione di professionalità diverse: alla consolidata esperienza in ambito informatico (Rita Zoppellari, Gestione delle raccolte) e archivistico (Maria Grazia Bollini e Patrizia Busi, Sezione Manoscritti e rari) si sono unite nuove e specifiche competenze bibliotecarie (Giovanna Delcorno ed Elisa Rebellato, Gestione delle raccolte), essendo il progetto principalmente finalizzato all'inserimento e integrazione nel sistema di schede relative a fondi librari della Biblioteca, con funzionalità di ricerca estese a tutti i fondi, librari e archivistici.
Ad oggi Fondi nel web rappresenta uno strumento di lavoro in progress che può essere agevolmente integrato con le notizie relative ai fondi che in futuro verranno acquisiti dalla Biblioteca ed arricchito con le informazioni derivanti da nuova bibliografia e ulteriori approfondimenti.
Tra i progetti futuri vi è l'inserimento e integrazione nella Guida delle schede relative alle raccolte iconografiche conservate presso il Gabinetto Disegni e stampe dell'Archiginnasio, in modo da offrire agli utenti una più completa rappresentazione del patrimonio dell'istituto e quindi più ampie possibilità di accesso alla documentazione. Obiettivo principale resta quello di ricondurre ad unità, mediante una fitta rete di legami, nuclei di beni culturali tipologicamente diversi (ma intrinsecamente collegati dal soggetto produttore o dalla provenienza) che storicamente, dopo l'acquisizione da parte della Biblioteca, furono trattati con modalità differenziate sotto l'aspetto catalografico e di collocazione fisica.